1.不理解、不清楚新政策。不少企業沒有關注新的國家高新技術企業認定工作指引，對于新的管理辦法不太了解，在準備資料的過程中，仍然按照往年的思路進行，結果資料不完備，從而導致無法通過認定。

2.不重視本次認定。部分企業員工受了一些培訓機構的講解后，認為資料準備相對簡單，沒有系統的安排重新認定的準備工作、投入足夠的人力，結果認定準備混亂，資料無法體現企業材高新資質，最終也無法通過認定。

3.企業內部工作不能夠協調。國家高新技術企業認定工作涉及財務、技術、人力等諸多部門，由于事前未能統一理解高新認定的新標準，導致部門配合不協調，資料準備不一致，拖延了申報高新技術企業的過程、甚至無法完成年度的申報。認定高新技術企業要先了解企業情況！

客觀問題可以從高新技術企業申報條件和四個評分項來總結：

(一)技術性指標不達標

1.高新領域無法界定。
由于此次高新領域的調整，原有的部分領域被刪除或簡化，同時新的領域在某些部分存在含糊，規定甚為籠統。因此不少企業無法找到完全貼合企業產品或高新技術的領域，從而導致企業在申報高新技術企業認定時出現領域選擇不準確而無法通過評審的情況。
2.核心自主知識產權缺乏。
由于中國專利保護力度仍然在完善當中，當企業擁有了行業領先的技術后，一般不太愿意進行公開專利申請。這就導致很多企業雖然具有符合高新領域的技術或產品，其相應的技術等也的確達到國內甚至國際領先水平，但囿于專利申請的限制，依然無法達到申報高新技術企業認定的要求。
3.項目歸集困難。
 

(二)財務性指標不足

1.研發費用不足
2.高新收入達不到標準

企業高新產品的收入一般容易核算。但一些從事高新技術服務的企業則存在問題，由于原有管理的缺失，許多企業材技術服務收入并未在技術市場進行登記，或登記的合同實際收入未滿總收入的60%。隨著高新認定工作的進一步完善，技術服務收入的合同必須登記將成為國家高新技術企業認定申報的必備條件。